A gyűjtemény első önálló vezetője („őre”) Timkó György volt 1909-től 1930-ig. A történelmi anyag (Albach, Crantz, Haynald, Hazslinszky, Lojka, Lumnitzer, Kitaibel, Sadler stb. zuzmói) rendezése mellett rendszeres gyűjtéseket folytatott a Kárpát-medencében, és 1928-ig az I. világháború utáni lassú gyarapodást leszámítva több ezer értékes zuzmópéldánnyal növelte a gyűjteményt. Cserekapcsolatok, elsősorban a Flora Hungarica exsiccata révén, értékes külhoni exsiccatákhoz, ajándékozás útján Degen Árpád gazdag kárpát-medencei anyagához jutott a Növénytár.
1930-ban Gyelnik Vilmos került a zuzmógyűjtemény élére, és roppant szorgalommal 1945-ig a gyűjteményt Közép-Európa alapvető zuzmóherbáriumává fejlesztette. Rendkívül sok anyagot gyűjtött, illetve az általa szerkesztett 2 exsiccata (Lichenotheca, Lichenotheca parva) révén nagyon értékes csereanyagokat szerzett. Mintegy 1300 új taxont írt le, melyek nagy része ma is elfogadott, azonban a II. világháború során a múzeumból elmenekített anyaggal a Gyelnik-gyűjtemény típuspéldányainak jó része is elpusztult.
1953-ban Szatala Ödön, a hazai lichenológia másik kiemelkedő, nemzetközileg is elismert kutatója vette át a gyűjtemény irányítását. Vezetése rövid ideje alatt rengeteg példányt revideált, ill. revideáltatott külföldi specialistákkal (pl. Motyka, Poelt, Pisút, Tobolewski). Korábbi magyarhoni értékes gyűjtéseinek és a Balkánon tett nevezetes gyűjtőútjainak anyaga alapjául szolgált florisztikai és taxonómiai munkásságának.
Verseghy Klára Szatala Ödön tanítványaként 1958-tól került a zuzmógyűjteménybe. Rendezte és elkülönítette a típusgyűjteményt, amelyről katalógust jelentetett meg. A gyűjtemény rendezése során különválasztotta a magyar anyagot a külfölditől. Folytatta Gyelnik félbeszakadt exsiccatájának, a Lichenotheca parvának szerkesztését, illetve kibocsátotta saját exsiccatasorozatát Lichenes exsiccati néven, mellyel fellendítette a külföldi cserét. Több jelentős taxonómiai feldolgozást készített, és részt vett hazai területek florisztikai feltárásában is. 1958 és 1967 között közreműködött Szatala Ödön 12 000 és Fóriss Ferenc 18 000 kapszulából álló zuzmókollekcióinak megvásárlásában. Közel 35 éves munkássága eredményeként készítette el a 714 zuzmófajt tárgyaló, Magyarország zuzmóflórájának kézikönyvét, ami napjainkra az újabb kutatási eredményeknek megfelelően számos helyen kiigazításra, kiegészítésre szorul. A Magyarországi zuzmók és zuzmólakó mikrogombák revideált fajlistája (Revised checklist of Hungarian lichen-forming and lichenicolous fungi) 867 zuzmófajt és 56 zuzmólakó fajt sorol fel a legfontosabb irodalmi és gyűjteményi adatok alapján.