A Balkán természettudományos feltárásában a kezdetektõl fogva jelentõs volt a magyar kutatók szerepe, eredményeik Európa-szerte ismertek és elismertek. Szinte mindegyiküknek volt valamilyen köze a Magyar Természettudományi Múzeumhoz, sokuk a múzeum munkatársa volt, másoknak a gyûjtött anyaga került ide a múzeumba. Külön kiemelendõ, hogy kutatóink gyûjtõútjaik, expedícióik során nemcsak saját szûkebb szakterületükre koncentráltak, hanem a lehetõségekhez mérten sokféle állatcsoportot és növényt gyûjtöttek.
Kitaibel Pál A Kárpát-medencei flóra kutatásában úttörõ Kitaibel Pál (1757–1817) 1794-es és 1802-es útjai során is járt a Velebit-hegységben (mai Horvátország). Waldstein Ádámmal közösen jelent meg élete fõ mûve a „Descriptiones et Icones Plantarum Rariorum Hungariae”, melyben közel 300 taxont tárgyalnak. Nevükhöz összesen 222 taxon leírása kötõdik, melyek közül többet - pl. Achillea croatica, Rosa croatica, Hieracium croaticum - balkáni útjai során gyûjtött Kitaibel.
Frivaldszky Imre (1799–1870) Balkánra irányuló gyûjtõútjait saját maga finanszírozta. A Macedóniába, Törökországba (Ruméliába) és a Balkán-hegység lábához szervezett 1833-as expedíció eredményeként felfedezte fel a Haberlea növény-génuszt, valamint további 3 növény-, 10 lepke-, 24 bogár- és 3 csigafajt. Az 1835–1836-ban szintén a Balkán-hegységbe és Macedóniába szervezett újabb expedíciójának eredménye 18, a tudományra új faj (6 növény-, 3 lepke- és 9 bogárfaj). Összességében jóval több mint száz növényfajt írt le a Balkán területérõl. Szintén õ írta le a jellegzetes hangú balkáni kacagó gerlét (Streptopelia decaocto), mely az 1930-as évektõl a Kárpát-medencében is megjelent és mára nálunk is közönségessé vált. Nevét számos általa felfedezett faj viseli pl. a Gobius frivaldszkyi nevû halfaj vagy a Balkanodiscus frivaldskyanus nevû csiga.
Janka ViktorJelentõs eredményeket ért el a Balkán flóra-kutatásában Janka Viktor (1837–1890). Gyûjtött a mai Bulgária és Görögország területén, útjainak eredményeként írta le például a Nectaroscordum bulgaricum Janka (Alliaceae), Peucedanum macedonicum Janka (Umbelliferae) és Serratula thracica Janka (Compositae) fajokat.
Brancsik Károly (1842–1915) orvos, zoológus, a Trencsénvármegyei Múzeum egykori igazgatója három ízben tett hosszabb gyûjtõutat Dalmáciában, Boszniában és Hercegovinában (1885, 1888, 1905) az ott gyûjtött és feldolgozott anyag révén komoly érdemeket szerzett ezen területek faunájának és flórájának kutatásában.
Korában a balkáni flóra legjobb ismerõjének tartották Degen Árpádot (1866–1934), aki már fiatalon, Lojka Hugó lichenológussal járt Boszniában és Hercegovinában (1886). Késõbb gyûjtött Törökországban, Görögországban, és 1905-tõl tartó módszeres munkájának eredményeként született meg a ma Horvátországhoz tartozó Velebit hegység négykötetes flóra-monográfiája (Flora Velebitica, 1936–1938). Az általa leírt növényfajok száma több száz, ezek jelentõs része balkáni (pl. Seseli serbicum Degen, Aster albanicus (Degen) Degen, Crepis turcica Degen et Baldacci, stb.). Fajokat nem csak saját, hanem mások gyûjtéseibõl is leírt, feldolgozta például Dörfler macedóniai, Antonio Baldacci bolognai tanár albániai, Fiala Ferenc boszniai, hercegovinai és montenegrói és Dieck Šar-Dagh- és Badicka Karašitza hegységi növénygyûjtéseit. A Baldacci által a dél-albániai Nemërçkë hegységben gyûjtött Astragalus-fajt (Leguminosae) megtalálója tiszteletére Astragalus baldacci Degen -nek nevezte el. Nevének állít emléket az August Hayek által leírt Degenia (Cruciferae) növénynemzetség, valamint számos balkáni faj, mint a Ranunculus degenii Kümm. (Ranunculaceae) et Jáv., Dianthus degenii Bald. (Caryophyllaceae) vagy a Galium degenii Bald. ex Degen (Rubiaceae). Az általa indított Magyar Botanikai Lapok korának egyik legjelentõsebb botanikai folyóirata, mely elsõsorban a Balkán flórájával foglalkozik. Saját, és mások gyûjtéseibõl származó herbáriuma Európa egyik legnagyobb magánkézben levõ balkáni növénygyûjteménye volt.
Nopcsa Ferenc báróNopcsa Ferenc báró (1877–1933) geológus és paleontológus 1903-tól kezdve számos alkalommal járt Észak-Albániában, kutatásainak eredményét az élete egyik fõmûvének tartott „Geographie und Geologie Nordalbaniens” címû monográfiában foglalta össze. Geológiai és paleontológiai kutatásai mellett felbecsülhetetlen értékû néprajzi anyagot is gyûjtött, az albán életmódról és szokásokról „A legsötétebb Európa” címû könyvében írt. Emlékét õrzi többek között a Cem szurdokból leírt Gyralina nopcsai nevû csigafaj.
Csiki ErnõCsiki Ernõ (1875–1954) rovarász az elsõ világháború elõtt gyûjtött Boszniában és Dalmáciában (1906), majd a világháború alatt Albániában (1916–1918), ekkor az Osztrák-Magyar Monarchia Észak-Albániába történõ bevonulása – mely a hazai minisztérium tudománypártolásával párosult – lehetõvé tette a megszállt területek intenzív tudományos feltárásának megkezdését. Valószínûleg õ volt az elsõ természettudós, aki feljutott a Korabra és a Gjalicára. Csodával határos módon, még éppen néhány héttel az albániai arcvonal összeomlása elõtt sikerült biztonságosan hazajuttatnia a rengeteg új fajt is tartalmazó páratlan tudományos értékû anyagát. Nevét viseli az általa gyûjtött Knautia csikii növényfaj.
Az Osztrák-Magyar monarchia csapatainak Albánia északi részébe való benyomulása tette lehetõvé, hogy a Kultuszminisztérium költségén Jávorka Sándor (1883–1961) növénytani kutatásokat végezhessen 1916–1918 között Észak-Albánia mészkõ-hegyvidékén és szerpentin-területein. Az útjai során gyûjtött anyagból írta le például a Nopcsa Ferencrõl elnevezett Gentiana nopcsae Jáv. (Gentianaceae) és a gróf Teleki Pál (aki akkor a Jávorka útját megszervezõ MTA keleti bizottságának vezetõje volt) tiszteletére elnevezett Lunaria telekiana Jáv. (Cruciferae) növényfajokat. Késõbb is több alkalommal kerete fel a Balkán-félszigetet (Albánia 1955, Bulgária 1929).
Szatala Ödön (1889–1958) részt vett az MTA hercegovinai (1918), bulgáriai (1929) és görögországi (1932) expedícióin, késõbbi bulgáriai (1954) és albániai (1956) gyûjtõútjait pedig már az MTA megbízásából tette. A Bolgár Tudományos Akadémia felkérésére elvállalta „Bulgária zuzmóflórája” -nak megírását. E munka végül nem készült el, eredményeit azonban 54 publikációban közölte.
Fõleg harasztok kutatásával vált ismertté Kümmerle Jenõ Béla (1876–1931), emellett azonban gyûjtött virágos növényeket és tengeri algákat is. Balkán-félszigeti gyûjtései fõleg az Adria partvidékérõl, Rab és Krk szigetérõl, valamint a Velebit hegységbõl származnak, de 1918-ban kollégáival járt Észak-Albániában is.
Pénzes Antal (1895-1984) Jávorka Sándorral és Szatala Ödönnel együtt járt Bulgáriában 1929-ben, melynek eredménye herbáriumi kiadványa a „Flora Bulgarica Exsiccata”. Ezen kívül is többször járt Bulgáriában (1935, 1936, 1938, 1960), illetve egyszer Jakucs Pállal Macedóniában (1964). Számos balkáni taxont írt le, mint a Vinca balcanica Pénzes, a Rhamnus albanica Pénzes vagy a Juniperus albanica Pénzes.
Soós LajosSoós Lajos (1879--1972) malakológus még az I. világháború elõtt foglalkozott a horvát karsztvidék és a Lika fennsík puhatestû faunájával és többek között az itteni fedeles tölcsércsigákon (Cochlostoma) végzett munkájával alapozta meg nemzetközi hírnevét.
Pintér László (1942–2002) malakológus, tanár, ferences rendi szerzetes. 1967 és 1999 között 18 gyûjtõutat szervezett Bulgária, Görögország, és az egykori Jugoszlávia területére. Ezek eredményeként mintegy nyolcvan új fajt és alfajt fedezett fel. Elsõsorban neki köszönhetõ, hogy az MTM Puhatestû-gyûjteménye az 1956-ban bekövetkezett teljes pusztulása után néhány évtizeddel újra Európa egyik legjelentõsebb balkáni gyûjteményével büszkélkedhet.
Drimmer László (1925–2009) malakológus és önkéntes múzeumi preparátor. Önkéntes preparátorként elévülhetetlen érdemei vannak abban, hogy a múzeum teljes puhatestû héjanyaga számítógépes adatbázisban van. 1981 és 1994 között hét gyûjtõuton vett részt Jugoszláviában és a görög szigeteken. Az általa gyûjtött anyagból új Albinaria és Xerocrassa fajok valamint a róla elnevezett Cochlostoma auritum drimmeri lettek leírva.
A hazai balkán-kutatók sora még hosszan folytatható, hiszen sokan vettek részt a Balkánra szervezett expedíciókon, tanulmányutakon és publikáltak a területrõl új fajokat, járultak hozzá az egyes fajok elterjedésének minél jobb megismeréséhez. Ilyen például Panocsek József, Wagner János, Andrasovszky József, Ujhelyi József vagy Jakucs Pál.