A múzeum 2014-ben megfogalmazta stratégiai célkitűzéseit, melyek küldetésének teljesítését szolgálják.
1. Átfogó cél: Országos természettudományos muzeológiai módszertani, múzeumi oktatási és tudománykommunikációs, szolgáltató jellegű kompetenciaközpont létrehozása a biológiai sokféleség jelentőségének tudatosítása, a megőrzését szolgáló széles körű szemléletformálás érdekében. A tagintézmények révén regionális központok és országos hálózat kialakítása.
Speciális célok:
a) Az országos természettudományos muzeológiai kompetenciaközpont létrehozása érdekében:
- a Nemzeti Természetrajzi Gyűjtemény elektronikus nyilvántartásának, a gyűjtemények digitalizálásának fejlesztése, a szélesebb körű hozzáférés javítása;
- szisztematikus, hiánypótló, a jelenkori természetvédelmi célkitűzésekhez alkalmazkodó gyűjteménygyarapítás;
- a tudományos kutatás és a kutatószolgálat működési rendszerének fejlesztése, hozzáférhető tudományos adatbázisok létrehozása;
- nemzetközi tudományos együttműködésekben való részvétel.(Mérhetőség: e-nyilvántartott tárgyak darabszáma, megjelenése és hozzáférhetősége, nyertes tudományos pályázatok, nemzetközi kapcsolatok, stb.)
b) Az országos természettudományos múzeumi oktatási és képzési kompetenciaközpont létrehozása érdekében:
- akkreditált természettudományos muzeológus továbbképzés;
- akkreditált természettudományos múzeumpedagógus-képzés;
- akkreditált természettudományos preparátorképzés;
- pedagógusképzés a múzeum nyújtotta tanulási-tanítási lehetőségek kiaknázására;
- módszertani képzés a természettudományos kiállítások rendezésére. (Mérhetőség: képzések száma, résztvevők száma stb.)
c) A tudománykommunikáció eszközeivel a társadalmi hasznosítás és szemléletformálás céljából végzett tudásátadó tevékenység érdekében:
- Természetismereti Tudásközpont kialakítása, az ismeretátadás módszertanának, programjának a kidolgozása (Mindenki Múzeuma program fejlesztése);
- a jelen problémáinak, jelenségeinek megismertetését, feldolgozását szolgáló, korszerű kiállítások, közművelődési és közönségszolgálati programok kidolgozása és megvalósítása;
- virtuális, online, interaktív múzeum létrehozása;
- bemutató, kiállítási és múzeumpedagógiai célokat szolgáló gyűjtemények létrehozása;
- tematikus évek kialakítása a múzeum tudományos és muzeológiai eredményeinek a bemutatására, illeszkedve a nemzetközi és országos tematikus évekhez (pl. 2015 – A fény éve). (Mérhetőség: látogatószám, elégedettség, nyertes pályázat, jegybevétel stb.)
2. Átfogó cél: A Magyar Természettudományi Múzeum végleges, egységes elhelyezése érdekében az élmény-alapú múzeum koncepciójának és funkcionális terveinek az elkészítése, kormánydöntéshez való előterjesztése.