A Puhatestűek gyűjteményét József főherceg és mások adományai, illetve megvásárolt magángyűjtemények alapozták meg. A világviszonylatban is jelentős gyűjteményi anyag 1956-ban szinte teljesen megsemmisült.
Hazánk legnagyobb és leggazdagabb ilyen jellegű gyűjteménye a gyűjtőutak, adományok és cserék révén épült újjá. A Kárpát-medencén kívül többek között a Balkán-félszigetről és a Földközi-tenger környékéről őriz jelentősebb anyagokat. A több mint százezer tételes leltárban körülbelül tízezer faj található meg.
A természetvédelmi, parazitológiai kutatásokon kívül a puhatestűek fontos szerepet játszanak az ismeretterjesztésben és abban, hogy a természet iránt érdeklődő laikusok jobban megismerhessék ezeket a rejtett életmódú lényeket és az ökoszisztémában betöltött fontos szerepüket.
